Государственный комитет Башкирской ССР по управлению государственным имуществом образован в соответствии с Законом от 29 октября 1991 года №ВС-9/34, принятым Верховным Советом Башкирской ССР. Первое положение о комитете утверждено постановлением Совета Министров республики от 5 мая 1992 года №123.
В январе 1994 года в результате слияния Государственного комитета по управлению имуществом и Фонда имущества создан Государственный комитет Республики Башкортостан по управлению государственной собственностью. Его функции и полномочия были определены соответствующим положением, утвержденным Указом Президента Республики Башкортостан от 25 января 1994 года № УП-31. В последующем в положение вносились изменения Указами Президента Республики Башкортостан от 14 ноября 1994 года №УП-528 и от 20 января 1999 года № УП-32. Они связаны с переходом комитета на финансирование из средств республиканского бюджета и изменением порядка руководства городскими и районными комитетами по управлению муниципальной собственностью.
Первым председателем Госкомимущества Республики Башкортостан стал Гаврилов Владимир Львович. Он сформировал аппарат комитета, организовал создание районных и городских комитетов по управлению муниципальным имуществом, утвердил первые планы приватизации.
После объединения в начале 1994 года республиканского комитета по управлению имуществом и фонда имущества вновь созданный Государственный комитет Республики Башкортостан по управлению государственной собственностью возглавил Барлыбаев Халиль Абубакирович. Под его руководством были выработаны принципиальные подходы к реализации процесса приватизации в республике. Именно в этот период приватизировано наибольшее количество предприятий, среди них практически все крупные предприятия республиканской собственности.
В мае 1995 года комитет возглавил Муртазин Салават Ризович, проработавший в этой должности до октября 2000 года. За время его работы был осуществлен второй этап приватизации – денежный. Это был период поиска стратегических инвесторов и формирования эффективных собственников.
Именно в это время был сделан вывод о необходимости смены приоритетов в управлении государственным имуществом, усилении государственного контроля и регулирования в государственном секторе экономики. Для решения этих задач была разработана Концепция управления государственным имуществом и приватизации в Республике Башкортостан, осуществлены крупные шаги по ее реализации.
В октябре 2000 года Государственный Комитет по управлению государственной собственностью возглавил Абрахимов Зуфар Нигаматович, работавший ранее в должности первого заместителя Председателя, руководителя республиканского управления по делам о несостоятельности (банкротстве). Его опыт в области проблем структурной перестройки и реформирования экономики республики, непосредственно связанных с отношениями собственности, позволил перевести работу комитета в новое русло, направить ее на повышение эффективности функционирования отдельных предприятий и на этой основе народнохозяйственного комплекса республики в целом.
2 апреля 2002 года Указом Президента Республики Башкортостан Государственный Комитет по управлению государственной собственностью был преобразован в Министерство имущественных отношений Республики Башкортостан.
В марте 2005 года министром имущественных отношений стал Сарбаев Раиль Салихович. С его приходом повышается эффективность использования государственного имущества, что привело к росту удельного веса неналоговых доходов в общем объеме доходной части бюджета Республики Башкортостан.
28 мая 2007 года Указом Президента Республики Башкортостан Министерство имущественных отношений РБ было переименовано в Министерство земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан.
В апреле 2008 года министерство возглавил Клинский Олег Викторович, он продолжил начатую работу по эффективному использованию государственного имущества и повышению доходной части бюджета.
В августе 2010 года министром земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан стал Ильясов Юлай Талхович.
В январе 2012 года Указом Президента Республики Башкортостан министром земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан назначен Искужин Рамиль Кабирович.
В январе 2014 года Указом Президента Республики Башкортостан министром земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан назначен Гурьев Евгений Александрович.
В настоящее время Министерство земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан проводит в республике единую государственную политику в области земельных и имущественных отношений; осуществляет полномочия собственника имущества, находящегося в государственной собственности Республики Башкортостан, в том числе приватизацию, управляет и распоряжается государственным имуществом и земельными ресурсами.